كانت سواكن هي الميناء الوحيد للسودان و منفذ للعالم الخارجي عبر البحرالأحمر ، و نتيجة للتوسع في التجارة الخارجية للسودان و ظهور سفن أحدث و اكبر عن إمكانيات ميناء سواكن ، ظهرت الحوجة لقيام ميناء جديد تم البدء في إنشاء ميناء بور تسودان عام 1905م و أفتتح رسميا عام 1909م . وفي عام 1974م تم فصل هيئة المواني البحرية عن السكة حديد، واصبحت وحدة من وحدات وزارة النقل السودانية ، و هي السلطة الرسمية المناط بها تقديم خدمات الموانئ ، وذلك من خلال إدارتها و تشغيلها لكل الموانئ علي السواحل السودانية للبحر الأحمر . بالإضافة الي إنشاء و تطوير الموانئ السودانية و الفنارات

أهداف الهيئة:
يكون للهيئة دون غيرها الحق في إنشاء و تطوير الموانئ و المرافئ و الفنارات البحرية و ان تحقق نظاماً متكاملاً يتسم بالكفاءة و الاقتصاد لخدمات الموانئ البحرية مع مراعاة السلامة في التشغيل و الحفاظ علي مستوي الخدمات التي تقدمها حماية للاقتصاد السوداني و سمعة الموانئ البحرية
تشرف هيئة الموانئ البحرية حالياً علي أربعة موانئ رئيسية و هي :
1 - ميناء بور تسودان وتشمل الموانئ التالية:-
أ) الميناء الشمالي ب) الميناء الجنوبي
ج) ميناء الخير د) الميناء الأخضر
2- ميناء الأمير عثمان دقنة .
3- ميناء اوسيف .
4- ميناء الشهيد المشير الزبير محمد صالح .
تحظي هيئة الموانئ البحرية بعضوية الاتحاد الدولي للموانئ و المرافئ و المنظمة البحرية الدولية و اتحاد موانئ شرق ووسط و جنوب أفريقيا و اتحاد موانئ شمال أفريقيا ، تعتبر عضو مؤسس في الأكاديمية العربية للنقل البحري ، و لها علاقات تعاون مشترك مع منظمات الأمم المتحدة الأخرى في المجالات الفنية و التدريبية

المعدات و الآليات
تمتلك هيئة الموانئ البحرية مجموعة من المعدات و الآليات التي تساعد علي مناولة البضائع و الحاويات بجميع أشكالها و أحجامها ، منها علي سبيل المثال :
رافعات جسرية و رافعات مطاطية ( R.T.G )
آلات رافعة حمولة ( 3 - 45 ) طن
سواحب و ترلات للحاويات حمولة ( 15 - 50 ) طن
كرينات متحركة حمولة ( 15 - 100 ) طن
كرينات رصيف ثابتة حمولة ( 3 - 5 ) طن
بالإضافة إلي الجرارات و مواعين البحر